La prima esperienza musicale di John Fogerty è del 1959, anno in cui assieme al batterista Doug Clifford e al bassista Stu Cook forma il trio strumentale The Blue Velvets. L'anno successivo si unisce a loro il fratello Tom Fogerty, cantante e chitarrista ritmico. Nel 1964 il gruppo cambia nome in The Golliwogs e nel 1968 mutano ancora nome in Creedence Clearwater Revival, pubblicando il primo omonimo album e il primo singolo, "Susie Q". Seguirà un altro singolo ("I Put a Spell on You") e un nuovo album che esce all’inzio del 1969: “Bayou Country”. Nello stesso anno escono gli album “Green River” e “Willy And The Poor Boys” che arrivano al primo posto della classifica di Billboard diventando immediatamente disco d’oro.
Nell'agosto del 1969 i Creedence si esibiscono a Woodstock e nel 1970 pubblicano altri due album, “Cosmo’s Factory” e “Pendulum”.
Nel 1971 Tom Fogerty abbandona la band. “Mardi Gras”, pubblicato nel 1972 è l'ultimo album dei Creedence Clearwater Revival che si sciolgono ufficialmente nel settembre dello stesso anno.
Nel 1973 Fogerty inizia la sua carriera da solista, originariamente con il nome Blue Ridge Rangers, con il quale incide l’album omonimo. Nel 1975 firma un nuovo contratto discografico con la Asylum di David Geffen, per la quale pubblica “John Fogerty” che contiene gli hit “Rockin' All Over the World" e "Almost Saturday Night" .
Nel 1976 John Fogerty consegna alla Asylum il suo terzo album solista intitolato “Hoodoo”: disco leggendario che non venne mai pubblicato in quanto giudicato dalla label non al livello dei dischi precedenti. Questo rifiuto, unito ad una profonda crisi personale e familiare, tiene lontano John Fogerty dal mondo musicale sino al 1985.
Il 1985 è l’anno del ritorno con la pubblicazione dell'album “Centerfield” per la Warner Bros. Records, che raggiunge la vetta delle classifiche USA con il singolo "The Old Man Down the Road" nella Top Ten.
Nel 1986 pubblica “Eye of the Zombie” e nel 1993 i Creedence Clearwater Revival entrano nella Rock and Roll Hall of Fame.
Nel 1997 torna con l'album “Blue Moon Swamp” che vince il Grammy per il “Best Rock Album”, seguito nel 1998 da un lungo e fortunato tour negli Stati Uniti e in Europa, dal quale viene ricavato il live album “Premonition”.
Nel 2004 esce “Deja Vu (All Over Again)” per la DreamWorks Records. Nell'ottobre dello stesso anno, John Fogerty si esibisce insieme ai R.E.M. e a Bruce Springsteen nel Vote for Change Tour, in supporto di John Kerry nella campagna presidenziale di quell'anno.
Nel settembre dello stesso anno, Fogerty ritorna alla Fantasy Records e nel 2005 esce “The Long Road Home”, una raccolta con tutti i suoi maggiori successi, con i Creedence e da solista.
Nel 2006 viene pubblicato il DVD “The Long Road Home - In Concert” e il 29 giugno torna, per la prima volta dal 1972, in Inghilterra, esibendosi in concerto all'Hammersmith Apollo di Londra.
Nell’ottobre del 2007 esce il suo ultimo album “Revival”.
Nel 2009 viene invece pubblicato The Blue Ridge Ranger Rides Again contenente un duetto con Springsteen, con cui reinterpreta il classico degli Eagles, con cui canta una cover di "Garden Party", brano del 1972 scritto da Rick Nelson.
Nel 2013 esce Wrote a Song For Everyone ( inserito nella set list di rolling stone magazine al 10° posto fra i 50 migliori album del del 2013) Premonition (WARNER BROS, 1998)